Située directement sur le lac d'Achensee, Pertisau est nichée dans les montagnes accidentées de la réserve naturelle de Karwendel, à 952 mètres au-dessus du niveau de la mer. Depuis le village lui-même, trois vallées boisées et des pâturages alpins ne s'étendent que doucement vers le haut, loin dans les montagnes. Les extrémités de la vallée forment des sommets de deux mille mètres qui s'élèvent abruptement. Le Gramai-Alm - spectaculairement situé au pied d'une paroi rocheuse de 700 m de haut - est utilisé pour des soirées traditionnelles pouvant accueillir jusqu'à 500 personnes.
Depuis le milieu du XIXe siècle, le tourisme s'est développé dans ce village pittoresque situé sur le lac d'Achensee. Pertisau est le point de départ et la destination de la ligne maritime Achensee, qui existe depuis 1887. On peut également y accéder par le chemin de fer à vapeur Achensee Railway, à 2 km au sud de Pertisau.