Pertisau ligt direct aan de smaragdgroene Achensee, genesteld in de ruige bergen van het natuurreservaat Karwendel op 952 meter boven de zeespiegel. Vanuit het dorp zelf strekken drie beboste valleien en alpenweiden zich slechts zachtjes omhoog tot ver in de bergen. De vallei eindigt in steil oprijzende toppen van tweeduizend meter. De Gramai-Alm - spectaculair gelegen aan de voet van een 700 m hoge rotswand - wordt gebruikt voor traditionele avondevenementen met maximaal 500 personen.
Sinds het midden van de 19e eeuw heeft het toerisme zich ontwikkeld in dit pittoreske dorpje aan de Achensee. Pertisau is het begin- en eindpunt van de scheepvaartlijn Achensee, die al sinds 1887 bestaat. Deze kan ook worden bereikt met de door stoom aangedreven Achensee Railway, 2 km ten zuiden van Pertisau.